Die Berechnung ist abhängig von der Art der Prüfung:

• Bei einer statistischen Durchschnittswertprüfung (§ 10 Prüfvereinbarung) erfolgt die Kürzung bis maximal auf den doppelten Fachgruppendurchschnitt. Die konkrete Berechnung ist dem Bescheid der Prüfungsstelle zu entnehmen.
• Bei einer einzelfallbezogenen Prüfung (§ 11 Abs. 2 Prüfvereinbarung) werden alle beanstandeten Leistungen, die als unwirtschaftlich bewertet wurden, gekürzt. 
• Im Falle einer repräsentativen Einzelfallprüfung (§ 11 Abs. 4 Prüfvereinbarung) wird der ermittelte, unwirtschaftliche Behandlungsumfang für die jeweilige Gebührenordnungsposition auf die Gesamtheit der Fälle hochgerechnet. Aufgrund der bei dieser Methode einhergehenden Unsicherheiten bei der Bemessung des Kürzungsbetrages wird ein Sicherheitsaufschlag von 25% auf den unwirtschaftlich ermittelten Betrag vorgenommen.